手艺研发
ca88生物最新效果：DNA甲基化检测及单倍型剖析助力甲状腺乳头状癌诊断
克日 ，上海交通大学隶属仁济医院头颈外科沈宇玲团队与ca88生物相助的主要研究效果揭晓于Translational Research（IF:7.8） ，题为: “A diagnostic model based on DNA methylation haplotype block characteristics for identifying papillary thyroid carcinoma from thyroid adenoma[1]（基于DNA甲基化单倍型区块特征的诊断模子用于区分甲状腺乳头状癌和腺瘤）” 。
在我国 ，约一半的成年人在检查甲状腺超声时会发明结节[2] ，而仅有不到5%的结节最终被确诊为甲状腺癌 ，这其中约90%左右是甲状腺乳头状癌（PTC） 。
甲状腺结节细针穿刺活检是甲状腺结节术前诊断的金标准 。然而 ，现在约莫三分之一的甲状腺结节细胞学检查效果在细胞学上是不确定的[3] 。在不确定结节中 ，其中只有20%~25%最终被确诊为恶性肿瘤 ，其余的70%~75%则接受了不须要的诊断性甲状腺切除手术 ，降低了患者的术后生涯质量 。
因此 ，仍需进一步开发更多的甲状腺结节诊断要领 。
现在 ，基于甲基化标记物的分子诊断手艺已成为多个癌种辅助诊断的研究热门 。甲基化改变被以为是癌症爆发早期的主要事务 ，甲基化标记物已经成为很是具有潜力的肿瘤诊断标记物 。
本研究旨在开发一种基于甲基化标记物的甲状腺结节判别手艺（图1） ，并期望基于该手艺的优化与转化能够使其真正应用于临床 。
图1. 研究流程图
研究效果
- 简化基因组甲基化测序及剖析
研究职员通过对135例组织样本【包括77例PTC和58例甲状腺腺瘤（TA）】举行简化基因组甲基化测序及甲基化差别区域（DMC）、甲基化差别区域（DMR）以及甲基化单倍型（MHB）剖析（图2 ，图3） ，从5000个MHB标记物中筛选出94个用于PTC与TA的判别诊断 ，并最终使用这94个MHB标记物的平均甲基化分数（average methylation fraction ，AMF）建设了基于逻辑回归算法的PTC诊断模子 。
图2. DMC的主因素剖析（A）以及DMC（B）和DMR（C）的火山图
图3.MHB标记物火山图（A）及热图剖析（B）
- 诊断模子性能剖析
模子评分在训练集（包括62例PTC和46例TA）和测试集（包括15例PTC和12例TA）的PTC组与TA组之间均体现出显著差别 ，PTC组评分显著高于TA组 。在应用于PTC诊断时 ，该模子在训练集中的AUC为0.974 ，在测试集中的AUC为0.917（见图4） 。模子评分还在多因素剖析中显示出对PTC危害的主要展望作用（见图5） 。
图4.模子在训练集与测试集的性能剖析
图5. PTC危害展望的诺莫图
- PTC亚组剖析
别的 ，研究还对模子评分与PTC的临床病理因素举行了相关性剖析 ，效果显示高评分与男性、低龄、高BMI、淋投合转移、肿瘤直径大等因素呈相关性（图6） 。进一步应用7例PTC复发样本举行甲基化测序并应用模子评分剖析 ，发明复发病例基线收罗组织样本的模子评分显著高于PTC随访未复发组 。这些亚组剖析效果批注 ，该甲基化模子具有潜在的PTC复发危害的展望能力 。
图6.模子评分与临床病理因素的相关性剖析
小结
研究职员基于简化基因组甲基化测序及DNA甲基化单倍型剖析 ，使用94个MHB标记物构建了一个诊断模子来区分PTC和TA 。该模子在PTC诊断中体现出优异的性能 ，有望进一步优化并转化为适用于临床的甲状腺肿瘤诊疗工具 。
参考文献
[1] Xu D, Lai Y, Liu H, et al. A diagnostic model based on DNA methylation haplotype block characteristics for identifying papillary thyroid carcinoma from thyroid adenoma. Transl Res. 2023 DOI:10.1016/j.trsl.2023.10.001
[2] Jiang H, Tian Y, Yan W, et al. The Prevalence of Thyroid Nodules and an Analysis of Related Lifestyle Factors in Beijing Communities. Int J Environ Res Public Health. 2016;13(4):442.
[3] Patel KN, Angell TE, Babiarz J, et al. Performance of a Genomic Sequencing Classifier for the Preoperative Diagnosis of Cytologically Indeterminate Thyroid Nodules. JAMA Surg. 2018;153(9):817-24
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